食品生产车间消毒时，除了应注意消毒方法本身的性质和特点外，还要注意使用方法和外界因素对消毒效果的影响。不论使用哪种毒方法，其消毒效果都会受多方面因素的影响，对这些因素的掌握和加以利用，能提高其消毒效果，反之则会影响消毒效果或导致消毒的失败。主要影响因素有以下几个方面。

    消毒的剂量

    消毒剂量是杀灭微生物的基本条件，它包括消毒强度和时间两方面。消毒强度在热力消毒时是指温度高低；在化学消毒时是指物浓度；在紫外线消毒时是指紫外线照射强度。一般来说，增加消毒处理强度能相应提高消毒（杀菌）的速度；而减少消毒作用时间也会使消毒效果降低。当然，如果消毒强度降低至一定程度，即使再延长时间也达不到消毒目的。

    微生物污染的种类和数量

    生物的种类不同，对其消毒的效果自然不同。另外微生物的数量的多少也会影响消毒效果，所以在消毒前要考虑到微生物污染的种类和数量。一般来说，微生物的抵抗力越强、污染越严重、消毒就越困难。

    温度的影响

    除热力消毒完全依靠温度作用来杀灭微生物外，其他各种消毒方法亦都受温度变化的影响。一般来说，无论在物理消毒还是化消毒剂中，温度越高效果越好。关于温度变化对消毒效果的影响的程度，往往随消毒方法、药物及微生物种类不同而异，一般可温度系数来表示。

    相对湿度

    消毒环境相对湿度对气体消毒和熏蒸消毒的影响的影响十分明显，湿度过高或过低都会影响消毒效果，甚至导致消毒失败。室内空气甲醛熏蒸消毒的相对湿度应为 80--90%，小型环氧乙烷消毒处理的相对湿度以 40--60% 为宜，大型消毒（>0.15立方米）湿度为 50%--80%。另外紫外线在相对湿度为 60% 以下杀菌力较强，在 80%--90% 时杀菌力下降 30%-40%，因为相对湿度增高回影响紫外线的穿透力。

    酸碱度

    酸碱度的变化可直接影响某些消毒方法的效果。一方面是PH值对消毒剂本身的影响会降低或提高消毒剂的活性；另一方面是PH 值对微生物的影响。如戊二醛在PH值由 3 升至 8 时，杀菌作用逐步增强；而次氯酸盐溶液，PH值由 3 升至 8 时，杀菌作用却逐渐下降；洗必泰、季铵盐类化合物在碱性环境中杀菌作用较大。

    有机物质

    消毒环境中的有机物质往往能抑制或减弱消毒因子的杀菌能力，特别是化学消毒剂的杀菌能力。这是因为一方面有机物包围在微生物周围，对微生物起到保护作用，阻碍消毒因子的穿透；另一方面在化学消毒剂中，有机物本身也能通过化学反应消耗一部分化学消毒剂。各种消毒剂受有机物的影响不尽相同，如在有机物存在时，含氯消毒剂的杀菌作用显著下降；季铵盐类、双胍类和过氧化合物类的消毒作用受有机物的影响也很明显；但环氧乙烷、戊二醛等消毒剂受有机物的影响比较小。如果有机物存在，消毒剂量则应加大。

    拮抗物质

    对于化学消毒方法，要注意拮抗物质的中和与干扰。如：季铵盐类消毒剂的作用会被肥皂或阴离子的洗涤剂所中和；酸性或碱性的消毒剂会被碱性或酸性的物质所中和，减弱其消毒作用。

    穿透作用

    设备被消毒时，杀菌因子必须直接作用到微生物本身才能起杀菌作用。不同消毒因子穿透力不同。例如，干热消毒比湿热穿透力差；甲醛蒸汽消毒比环氧乙烷穿透力差；紫外线消毒只能作用于物体表面和浅层液体中的微生物，一张纸即可使其杀菌力降低 95% 以上。